顯微鏡系統往往受到焦點深度的限制，而手動重新聚焦是費時的；當然，對於自動顯微鏡系統來說手動對焦是不切實際的。熱漂移和鏡頭放大倍數的變換導致更多的焦點不準確問題，又使得每次重新對焦過程必須手動完成。

通過使用自動對焦系統，可以快速獲取某個焦點並自動重新調整從而達到長期穩定性。自動對焦技術在印刷電路工藝和激光束焊接工藝中的表面粗糙度檢測和質量控制領域變得越來越普遍。它們越來越多地用於激光束劃線領域，當然也用於微生物學研究。

高質量的自動對焦系統可以節省時間，可以極大地提高圖像採集的質量和速度。

在微生物分析領域或超分辨率顯微鏡領域，電動自動對焦系統需要由高分辨率壓電驅動定位單元支持，該單元能夠達到亞微米範圍內的精度。