显微镜系统往往受到焦点深度的限制，而手动重新聚焦是费时的；当然，对于自动显微镜系统来说手动对焦是不切实际的。热漂移和镜头放大倍数的变换导致更多的焦点不准确问题，又使得每次重新对焦过程必须手动完成。

通过使用自动对焦系统，可以快速获取某个焦点并自动重新调整从而达到长期稳定性。自动对焦技术在印刷电路工艺和激光束焊接工艺中的表面粗糙度检测和质量控制领域变得越来越普遍。它们越来越多地用于激光束划缐领域，当然也用于微生物学研究。

高质量的自动对焦系统可以节省时间，可以极大地提高图像採集的质量和速度。

在微生物分析领域或超分辨率显微镜领域，电动自动对焦系统需要由高分辨率压电驱动定位单元支持，该单元能够达到亚微米范围内的精度。